花都區（原花縣）漢朝屬番禺縣轄，隋朝屬南海縣轄，宋代以后屬番禺、南海分轄。清康熙二十五年（1686年），劃出南海、番禺兩縣部分區域置縣，因縣城近花山而定名為“花縣”，隸屬廣州府，三水知縣王永名調任花縣首任知縣。民國時期，花縣屢次改屬。1949年10月13日，花縣解放，劃屬江北專區，同年12月改屬珠江專區。1952年和1956年先后改屬粵北行政區和佛山專區。1958年11月，廣州郊區部分公社劃歸花縣，遂改名“廣北縣”，次年3月復名花縣。1960年4月20日劃為廣州市屬縣。1993年6月18日，國務院批準花縣撤縣設市，定名“花都市”（縣級），由廣東省直轄，委托廣州市代管，以原花縣的行政區劃為花都市的行政區劃。